Sebuah pesan telah tiba dari Kid si Pencuri Hantu, bahwa dia akan mencuri pedang Jepang milik Keluarga Onoe yang kaya di Hakodate, Hokkaido. Conan dan Heiji Hattori, yang kebetulan sedang berada di Hakodate, ikut membantu menangkap Kid. Secara kebetulan pengacara keluarga Onoe ditemukan terbunuh di distrik gudang, tampaknya dibantai oleh pedang Jepang. Tersangka adalah seorang investor/pedagang senjata yang dikatakan mengincar harta karun keluarga Onoe. Di Utara di antara bunga sakura, perburuan harta karun yang menarik dimulai!